第一作者：
程金辉，何承全，2001. 黑龙江省东部鸡西盆地早白垩世滴道组的沟鞭藻类。古生物学报，40（1）：127－133。
程金辉，2005. 生物大灭绝。《彩图科技百科全书》编辑部编，彩图科技百科全书 第三卷，生命，218-219页。上海：上海科学技术出版社，上海科学教育出版社。
程金辉，2005. 生物辐射。《彩图科技百科全书》编辑部编，彩图科技百科全书 第三卷，生命，220-221页。上海：上海科学技术出版社，上海科学教育出版社。
Cheng Jinhui, He Chengquan, 2006. Middle-Late Jurassic marine dinoflagellate cysts from the eastern Qiangtang Basin in the Qinghai-Tibet Plateau, China. Progress in Natural Science, vol. 16 (13): 274-283. (SCI)
Cheng Jinhui, He Chengquan, 2012. Cretaceous non-marine dinoflagellate biostratigraphy. Journal of Stratigraphy, 36 (2): 229-240. [in English with Chinese abstract]
程金辉，尚玉珂，2015. 内蒙古满洲里扎赉诺尔煤矿早白垩世孢粉组合序列及古气候研究。古生物学报，54 (3): 316-341.
Cheng Jinhui, Zhou Chunmei, He Chengquan, Shi Tianming & Aliya Amuti, 2015. New Eocene dinoflagellate cysts from the southern edge of the Junggar Basin, Xinjiang, China. Grana, 54(4): 294-304. DOI: 10.1080/00173134.2015.1096300 (SCI)
Cheng Jinhui, Zhao Yanjun, Meng Fanwei, 2019. Paleogene organic-walled dinoflagellate cysts in the Shulu Sag, Hebei Province, China. Carbonates and Evaporites, 34(3), 671-677. DOI: 10.1007/s13146-018-0456-8 (SCI)
第二作者：
詹仁斌，程金辉，2003. 论上扬子地区南部中奥陶统大沙坝组。地层学杂志，27（2）：109-115。
何承全，程金辉，祝幼华，2005. 可可西里海西中晚侏罗世海西沟鞭藻类。沙金庚、王启飞、卢辉楠主编，羌塘盆地微体古生物，42-74页。北京：科学出版社。
周春梅，程金辉，阿丽亚·阿木提，师天明，何承全，2012. 新疆准噶尔盆地南缘安集海河组中段上部的地质时代与古环境意义。地层学杂志，36（4）：723-732. (通讯作者)
尚玉珂，程金辉，2018. 吉林省龙井市葆园屯田营组孢粉化石的发现及其意义。古生物学报，57(1): 105-118.
Sun Xiaoyan, Cheng Jinhui, 2019. Characterization of the complete mitochondrial genome of Chinese Triops granarius and implications for species delimitation. International Journal of Biological Macromolecules, 135: 734-744. DOI: 10.1016/j.ijbiomac.2019.05.208 (SCI)
Liu Jiguo, Cheng Jinhui, Zhang Guangya, Mao Fengjun, Yang Ning, 2020. Cretaceous dinoflagellate cyst biostratigraphy in the Facai-1 well of the Tenere Graben in eastern Niger, Africa. Journal of African Earth Sciences. Doi: 10.1016/j.jafrearsci.2020.103888 (SCI，通讯作者)
第三作者及之后：
詹仁斌，戎嘉余，程金辉，陈朋飞，2004. 华南早、中奥陶世腕足动物多样性初探。中国科学，D辑 地球科学，34(10)：896-907。
Zhan Renbin, Rong Jiayu, Cheng Jinhui and Chen Pengfei, 2005. Early-Mid Ordovician Brachiopod diversification in South China. Science in China Ser. D Earth Sciences, Vol. 48, No. 5, 662-675. (SCI)
Rong Jiayu, David A. T. Harper, Zhan Renbin, Huang Youzhuang and Cheng Jinhui, 2005. Silicified rhynchonelliform brachiopods from the Kuniutan Formation (Darriwilian: Middle Ordovician), Guiyang, South China. Palaeontology, 48(6): 1211-1240. (SCI)
陈孝政，王伟，刘欣春，徐洪河，刘小雷，孟凡巍，程金辉，2007. 微生物硅化作用模拟实验。微体古生物学报，24（3）：261-266。
Li Jianguo, Riding J. B., Cheng Jinhui, He Chengquan, 2011. Latest Jurassic-earliest Cretaceous (Tithonian-Berriasian) dinoflagellate cysts from the Yanshiping Group of the northern Qinghai-Xizang Plateau (Tibet), western China. Review of Palaeobotany and Palynology, 166: 38-45. (SCI)
陈文彬，贺永忠，占王忠，熊兴国，吴滔，黎文本，程金辉，2012. 藏北南羌塘安多县鄂斯玛地区早白垩世孢粉化石Dicheiropollis的发现及其地质意义. 地质通报，31（10）：1602-1607.
沙金庚、王亚琼、饶馨、程金辉、房亚男，2018. 准噶尔南缘陆相三叠系/侏罗系和提塘阶/辛涅缪尔阶界线及其附近的生物灭绝和海侵事件. – 见：第四届全国地层委员会（编）全国陆相地层划分对比及海相地层阶完善研究报告（2014-2015），北京：地质出版社，135-141.
会议论文：
程金辉，戎嘉余，詹仁斌，华南上扬子区早奥陶世晚期--中奥陶世早期的腕足动物，中国古生物学会第九届全国会员代表大会暨中国古生物学会第二十次学术年会，江苏常州，2005.04
程金辉，周春梅，何承全，詹家祯，Oligosphaeropsis gen. nov.，一个始新世沟鞭藻新属的古环境意义，中国古生物学会第26届学术年会论文集，贵州关岭，2011.10.21-23.
程金辉，周春梅，何承全，师天明，阿丽娅·阿木提，中国新疆准噶尔盆地南缘始新世沟鞭藻囊孢新属种，全国微体古生物学分会第九届会员代表大会暨第十四次学术年会、全国化石藻类专业委员会第七届会员代表大会暨第十五次学术讨论会论文摘要集，云南腾冲，2012.12.21-25
Cheng J., Late Pleistocene-Holocene dinoflagellate cysts in the Yangtze Delta Plain and their palaeoenvironmental implications, BIT’s 2nd Annual of International Congress of Algae, Hangzhou, Zhejiang, China, 2013.09.23-25
程金辉，陈文彬，谭富文，藏北南羌塘安多县鄂斯玛地区中--晚侏罗世沟鞭藻化石的发现及其地质意义，中国古生物学会微体学分会第十次学术年会、中国古生物学会化石藻类专业委员会第八届会员代表大会暨第十六次学术研讨会论文摘要集，吉林长春，2014.07.14-16
Cheng J., Shang Y. Early Cretaceous Palynological assemblage sequence and palaeoclimate research in Zhalainuoer Coalmine, Manzhouli, Inner Mongolia, Abstracts for The 2nd Symposium of International Geoscience Programme Project 632, 2015, Shenyang, Liaoning, China, 2015.09.11-13
